Tu caso me parece de lo más raro: normalmente los Mods para Windows van prácticamente igual con ofuscación forzada que sin ella, y lo tengo más que comprobado.
Muchos archivos están intervenidos: nunca sabes quién está al otro lado. Por ejemplo, en el caso de las películas, bastantes de ellas se ponen también como fuente los Anti-P2P, con sus clientes eDonkey para meter bloques defectuosos, y hacer que sea una experiencia bastante frustrante poder bajarse una. Esos clientes eDonkey no soportan ofuscación, así que si tienes la ofuscación forzada puesta, no los verás más (aunque te conectes sólo a Kad, y ellos no puedan, te encuentran por XS, rebotada de otra fuente normal que está en las 2 redes, para informarte de una nueva fuente).
Hoy en día, muy poca gente utiliza eMules inferiores a la 0.47b, que fue la 1ª capaz de ofuscar (prácticamente nadie, excepto los eMulePlus, y poco más), así que, por eso se ve la misma cantidad de gente con ofuscación forzada que sin ella, y la velocidad de descarga es similar (a menos que el eMule esté mal), a excepción de cuando se pone a bajar algún archivo intervenido. Personalmente, siempre uso la ofuscación forzada, para quitarme del medio a los eDonkey rompebloques, ya que es la única forma que he encontrado, y por rangos de IPs es de locos, estaría todos los días metiendo rangos nuevos.
También hay que tener en cuenta la cantidad de ataques que están haciendo ahoramismo, con lo de enviar en masa IPs no válidas, para dejar eMule medio tonto: he tenido que meter unos cuantos rangos para que me dejen en paz, y aún así, no es totalmente perfecto.
No sé exactamente qué te está pasando, aunque me huele un fallo del aMule o algo parecido (yo lo usé en su día, y tuve que dejarlo de mal que funcionaba, en comparación con los Mods disponibles para Windows).