Con los programas P2P vas a depender siempre de la velocidad de subida de los pares remotos.
El problema de eMule es que el cliente oficial está diseñado para subir 3 KB/s a cada par, aumentando el número de pares hasta llegar a tu velocidad global fijada. Menos mal que clientes como Morph rehicieron el código para quitar ese absurdo comportamiento, pero es mínimo el porcentaje de usuarios que usan clientes alternativos al oficial. Otro grandísimo fallo del que nunca se bajaron del burro los programadores, fue mantener bloques de 9800 KB, que no se podían compartir hasta ser completados.
BitTorrent está bastante mejor diseñado en ese sentido. No solamente el cliente BitTorrent va eligiendo dinámicamente los mejores pares del enjambre para intentar descargar antes los bloques, sino que el creador del torrente puede él mismo decidir el tamaño de bloque (por ejemplo, los bloques de 256 KB son los que mejor se propagan entre usuarios con poca velocidad) hasta un máximo de 65536 bloques por torrente. En general, al existir una cola por cada fichero de descarga, en vez de una cola global como eMule, las velocidades son muy superiores.
Lo único que aconsejo es afiliarse a trackers privados con control de ratio. Es una forma segura de saber que los leechers serán expulsados, y de crear una sensación de pertenencia a una comunidad. Los que no tienen intención de aportar y compartir, que se alejen de estos sitios.
Sobre el cifrado a través de una capa intermedia como I2P no te puedo decir nada de nada, lo siento.