Da igual los puertos que pongas. En principio el emule va a funcionar igual de bien(o de mal) independientemente del puerto que use.
Lo que me imagino que hacen los ISPs es configurar sus enrutadores para que demoren o descarten los paquetes que originan los programas p2p. ¿Y cual es la forma de saberlo? pues únicamente mirando a qué puerto van dirigidos los paquetes. El emule, por defecto, usa el puerto 4662. Si le cambiamos el puerto a uno aleatorio, pues el ISP ya no sabe qué aplicación está generando ese tráfico.
A mi desde que le cambié la configuración me va mucho mejor; en poco tiempo pasé de tener una relación UL:DL de casi 3:1 a ya estar cerca del 1:1. No va tan rápido como otros p2ps, pero a cambio es mucho más fácil encontrar lo que quieres y hay más variedad.
Sobre lo de limitar la subida como recomiendan por ahí, no le encuentro ningún sentido. En teoría cuanto más subas más avanzas en las colas para bajarte archivos.