Desempadronar expareja que ya no convive en el domicilio

Yo preguntaría/pediría asesoramiento a un abogado o gente que sepa (seguro que si pides cita en el Ayto incluso te ayudan) - pero aplicando la lógica (que en tema leyes…) supongo que es porque cuando presentais el alquiler y "yo certifico que vivo aquí, pago alquiler/comparto piso/lo que sea", es un acto voluntario pero que presenta la propia interesada y no le resta derechos de manera no consciente para la interesada; pero en el caso que propones de darla de baja, la solicitud ya no la está haciendo ella (es una tercera persona la que hace el trámite, con o sin conocimiento de la interesada) y podría restarle derechos (los que se deriven de dejar de estar empadronada ahí, como pudieran ser programas de empleo/sociales del Ayuntamiento que requieran empadronamiento, becas locales etc) - Esto hará que requiera más pasos o medidas de seguridad que un tercero borre a alguien del padrón a que alguien voluntariamente se de de alta a título personal.

Y obviamente, el trámite de solicitar borrar del padrón a la persona, al igual que la solicitud la realiza el afectado e interesado (ella), en este caso tendrá que hacerla también el afectado e interesado (dueño del piso en el que sigue empadronada la persona; el piso no es tuyo y lo que le afecte a nivel administrativo, tampoco, incumbe al titular, su dueño; si hay problemas, tú tendrás que ir a él, tú no gestionas la vivienda, solo tienes derecho de uso).

Y el dueño, para tal efecto, tendrá que demostrar que esa persona ya no vive ahí, no vale con ir y decir "te lo digo yo". Tendrá que presentar resolución de contrato de alquiler o el documento de lanzamiento judicial en el caso de desahucio, pruebas de cambio de domicilio u otros documentos que respalden la situación. Porque borrar a otra persona del padrón no es un acto inocuo y es un acto de un tercero, no del interesado, hay que demostrarlo.

Por último, ella por su lado debería de actualizar su situación en el padrón, pero ese es otro tema.

Te dejo una referencia, pero mejor consulta y asesórate onlygal.es/alquiler/desempadronar-un-inquilino

Para empadronarla tuvo que firmar ella una solicitud y además firmar también el titular del derecho a habitar en esa vivienda una autorización.

El empadronamiento es un derecho/obligación y debe corresponderse con la realidad: cada persona debe estar empadronado donde realmente resida. Si una persona cambia de residencia debe cambiar el empadronamiento; si no lo hace y continúa figurando contigo te puede perjudicar (y bastante). Por tanto sería absurdo que esa situación no pueda rectificarse. Ve al ayuntº correspondiente y solita la eliminación de esa persona que figura en TU vivienda y que ya no reside ahí. Subrayo de TU vivienda porque eres tú quien tiene el derecho a figurar ahí junto con personas vinculadas contigo que realmente también residan ahí. El propietario de la vivienda, si reside en otro lugar, tampoco debe figurar en la vivienda que te ha alquilado. Tú eres quien ostenta el derecho a residir en esa vivienda (y los "tuyos": quien se fue del equipo y encima no cumple su obligación legal de cambiarse de Padrón es quien debe dar explicaciones: a la policía municipal, que en este caso pueden perfectamente enviar a averiguar la realidad de la convivencia o no).

eso no es correcto, el propietario del piso puede dar de baja a todo el mundo no listado simplemente diciendo que solo siguen viviendo tales personas. (al menos en mi ciudad)