Dos discos duros e instalación de Linux

a ve quien me ayuda home...yo instalé el linux en una partición de mi peaso disco duro de 20 gb de mi peaso ordenador pentium II 350 mhz. bueno hasta aki todo bien, na estube haciendo algunas cosillas con el linux y tal y tall.... bueno, y rebuscando en mi casa me encontré un disco duro de 4 gb, que lo habia mangao de algun lao, y me dije, voy a borra el linux de la partición y voy a instalá el linux en este segundo disco duro, po na, lo instalé, instalé un gestor de arranke, el GAG y bueno ya tengo un disco duro ( 20 gb) con windows 2000 y unas cuantas particiones que me hice, y en el otro disco duro (4 gb) con linux. bueno pues na arranco el ordenador, salta el GAG y cuando le digo que arranque el linux, me dice que nanai, o sea un mensaje de sector boot no valido o algo así. y si le digo que arranque 2000, pues nada, perfecto arranca 2000. y es que aro, me di cuenta que el disco que arranca es el que tiene la instalación de windows 2000, es decir, que solo se arranca el disco que tiene 2000, o sea el disco maestro, pero illo, no sé que tengo que hacer, para que arranque el sistema que yo elija, si elijo linux....¿que tengo que hacer para que entonces arranque el segundo disco duro que tiene la instalación de linux? ¿Tengo que tocar en la bios? ¿o cambiar el disco duro de 4 gb que está como esclavo y ponerlo como maestro? si hago esto ultimo, ¿no arrancaría siempre el linux como me pasa con el windows 2000? bueno a ve si alguien me echa un cable.... saludos