No te puedo responder con exactitud, pero sí contarte mis impresiones al respecto.
Yo hace años lo usaba en unos equipos destinados a formación y pude comprobar que realmente es efectivo para su propósito, que es impedir que se guarden cambios en el sistema, pero me dió problemas varios como por ejemplo al intentar clonar equipos que tenían la herramienta simplemente instalada (no activada), tras recuperar de una imagen ghost al reiniciar el sistema pegaba un pantallazo azul espectacular (en sistemas con w2000 y XP).
Por otro lado, si supongamos tenía protegida una partición de un total de 10GB conteniendo 4GB en archivos, el sistema te devuelve 6GB libres pero no son reales ya que parte del espacio lo emplea Deep Freeze para guardar su copia del sistema y poder restaurarlo en cada inicio, con lo cual entiendo que DeepFreeze está "engañando" al sistema operativo acerca del espacio real libre en el disco y su correspondiente ubicación física en el mismo, como se podía comprobar al intentar por ejemplo copiar un archivo de 4GB y que debería caber en el disco pero se nos lanzaba un aviso de espacio insuficiente en disco.
Acerca del sufrimiento del disco, asumo que sería debido a la tarea de restaurar la "imagen" guardada por DeepFreeze y que se emplea para "reconstruir" el sistema en cada inicio.
Respecto a lo peligroso de defragmentar, yo lo veo debido a que si Deep Freeze "oculta" el espacio real libre del disco al sistema para guardar en ciertos sectores la imagen por él creada, a la hora de defragmentar (que requiere acceso directo a disco) puede haber conflictos cuando el sistema intente mover temporalmente fragmentos a un cluster supuestamente libre para él pero realmente ocupado por la imagen de Deep Freeze, y ésto puede provocar pérdidas de información.