Tengo hecha una lista de paquetes a instalar por temas, claro que esta hecho mas o menos a medida para uno de los ordenadores que tengo, pero aun asi creo que muchas cosas te sirvan, aqui va:
Apache y relacionados
apt-get install apache mysql-common mysql-server mysql-doc mysql-client php4 php4-gd2 phpmyadmin webalizer
Compiladores
apt-get install g++ gcc-3.0 make binutils
Redes
apt-get install iptables ipmenu ipgrab iptraf ntop nmap ngrep netsed sendip tcpdump john ssh mtr-tiny tcpreplay dnsmasq whowatch tethereal tiger chkrootkit
Squid
apt-get install squid calamaris
Varios
apt-get install ncps mc less si gpm debfoster nano links mutt samba-common smbfs dialog console-log lsof
X window basico
apt-get install xserver-xfree86 x-window-system-core menu
Kernel (en el caso de la woody)
apt-get install kernel-source-2.4.18
Configuracion
apt-get install rcconf webmin linuxconf
Si quieres saber para que es alguno de los paquetes, haz lo siguiente
apt-cache show nombre_del_paquete
Un saludo