Buenas. No me queda claro qué sistema operativo lleva al final el equipo que tiene los recursos compartidos. ¿Es XP o es Windows 7?
Lo digo porque algunas de tus afirmaciones son ambiguas. Dices que son los XP donde aleatoriamente sale un mensaje de error, pero como el título de tu hilo se queja de problemas de interconexión con Windows 7, a partir de ahí puedo suponer que el equipo que tiene compartiendo las carpetas es un Windows 7. Pero más abajo comentas que determinado programa antiguo solo funciona en XP y por eso lo tienes en el equipo que funciona "como servidor", lo que se contradice con lo anterior.
Como Windows 7 tiene unos requisitos más elevados de seguridad, en las redes con entornos mixtos se deberían intentar ciertas configuraciones: Lo primero, que la conexiones SMB sean exclusivamente a través de TCP/IP en el puerto 445 TCP, por lo tanto deshabilitar en las propiedades de todas las tarjetas de red las antiguas conexiones NetBIOS que pudiesen seguir utilizando los puertos 137, 138 y 139.
Lo segundo, el nivel de autenticación debe hacerse a través de usuarios con contraseña. Aunque pueda activarse compatibilidad hacia atrás y tener usuarios anónimos, el Windows 7 lo desaconseja. Al no ir en dominio, sino en grupo de trabajo, los recursos del equipo que hace de servidor deben ser compartidos con un usuario que tenga clave, y que los permisos NTFS de los ficheros coincidan adecuadamente. Los equipos remotos, en el caso de usar usuarios distintos con clave distinta, necesitarán autenticarse con el usuario del servidor (EQUIPO\Usuario) y su contraseña.
Lo tercero, y aunque parezca una tontería no lo es en absoluto, puede haber fallos de conexión si la diferencia horaria entre los equipos es superior a 30 minutos. Pasa mucho cuando las fechas están cambiadas. Supongo que no es el caso, porque los errores de conexión serían permanentes en vez de aleatorios.
Estas de arriba, resumidas, son las condiciones que aparecen en las guías de Microsoft sobre conexiones en entornos mixtos.