Aunq lo fundamental es aprovechar los medios d q se dispone (el sistema operativo) configurar los permisos o poner clave d acceso a los recursos segun el q uses, despues instalar un cortafuegos y delimitar el rango d ips q pueden acceder a esos recursos lo maximo posible, si el equipo con el q piensas compartir tiene ip fija, solo esa, si es dinamica o no cambia mucho, el rango mas cerrado posible q la englobe, parece una tonteria pero si discriminas a todos los proveedores menos el del equipo cliente reduces mucho las posibilidades d intrusion (aunq si eres cliente d ono no t saca d mucho, pero algo es algo)
Tambien suele ayudar acotar los recursos compartidos, si compartes un unico directorio n el q pones lo q quieres q sea accesible n lugar d todo el disco duro, si entran solo podran ver eso.
Si necesitas algo mas elaborado puedes usar el remote admin (d pago) q tiene funcion d transferencia d ficheros encriptada o el openssh q comento mas arriba.