Yo te voy a dar mi opinión, pero es la mía.
El cable cat6 es bastante más rígido, más difícil de trabajar, se supone que hay que hacer radios de giro mínimo cuatro veces su grosor, no se debe pelar más de 1cm y hay que usar unos conectores RJ45 especiales y más puñeteros de colocar.
Luego está el tema de la "visión de futuro", que como es una instalación a largo plazo mejor usar ese. A las redes gigabit les quedan muchos años por delante, los equipos 10gigabit son escasos, muy caros y no están pensados para entornos domésticos. Además que los cat6 vayan a funcionar correctamente con redes 10g no está demasiado claro, en algunos sitios dicen que incluso montados correctamente no van a funcionar a más de entre 30 y 50 metros dependiendo de las condiciones ambientales y que debería ser ftp, todavía más rígido. También ha aparecido ya la cat6a que dicen que soluciona esos problemas al menos en parte.
Yo casi apostaría a que cuando las redes 10g se hagan populares se van a montar sobre fibra y no sobre cobre.