No conozco ni he encontrado nada que sirva para lo que quieres.
Imagino que tienes las dos descargas sin terminar y en ninguna hay una semilla que la tenga completa. Así no puedes terminar ese archivo, claro. Pero de tu pregunta deduzco que entre ambas descargas si que tienes el archivo completo.
A falta de poder unir los bloques válidos de una y otra descarga se me ocurre algo que puedes hacer; aunque necesitas dos pc, cada uno con una de las copias incompletas del archivo en el que estás interesado (lógicamente con el mismo nombre).
Ejecuta el torrent más completo en ambos pc´s, evitando la descarga de los demás archivos, y descargando sólo el que te interesa en las dos ubicaciones donde lo tienes incompleto. Ahora debes tener la misma descarga a medias en ambos pc´s, pero con disponibilidad mayor que 1. Ahora no tienes más que enviar de uno hacia el otro. Lógicamente te conviene enviar desde el más incompleto hacia el más completo.
No se si me he explicado bien, pero conociéndote seguro que has pillado la idea.
Creo que también lo puedes hacer desde un sólo pc y utilizando dos clientes bittorrrent distintos.
Si, por el contrario, no tienes problemas de semillas y lo que quieres es unir todos los bloques para evitarte descargar unas piezas que ya tienes entonces no puedo ayudarte.
Espero haberte sido de ayuda, un saludo ;)
Editado por manrovi porque había puesto pasos innecesarios por despiste.