No he usado mucho Gnome, pero me da la impresión de que tiende a "apropiarse" de determinadas funciones de los gestores de ventanas, en cuanto tiene oportunidad (no es problema de las GTK sino del escritorio en sí). En un servidor tenía funcionando Fluxbox y un día me vi obligado a arrancar Nautilus (por rollos de nombres de archivos con kanjis). Gnome asaltó vilmente el tapiz de escritorio de Fluxbox, poniéndose "encima" e inhabilitando la pulsación del botón derecho para lanzar el menú.
Para evitarlo, suele ser bueno leerse las opciones que tienen incluso los programas gráficos. Por ejemplo, para evitar que Nautilus se apropie del tapiz de escritorio y otras cosas que no debe, está la opción --no-desktop:
$ nautilus --no-desktop
Claro está, hay que lanzarlo desde terminal o añadir la opción a la configuración de los menúes.