El "formateador" (buen palabro xD) de Windows XP por supuesto que es capaz de formatear unidades con NTFS (aquí se explica claramente) sin ningún tipo de problema.
Otro tema bien distinto es pasar una partición de NTFS a FAT32, que, de forma segura, no se puede. Tendrías que eliminar la partición y crear una nueva en FAT32, para luego proceder a formatearla e instalar Windows en ella.
Por otra parte, instalar Windows XP en una unidad FAT32 es una somera gilipollez. Entre otras cosas, FAT32 no tiene ningún tipo de seguridad ni tampoco es precísamente la opción más estable, con lo que los datos son mucho más fáciles de corromper si hay algún apagón o se cierra el sistema "a lo bestia"... aparte de que te puedes ir olvidando de permisos y seguridad, y que no admite archivos de más de 4 GB de tamaño, entre otras limitaciones.
No creo que la velocidad sea un factor tan determinante a la hora de elegir el sistema de archivos, sino más bien lo que he mencionado antes. Ventajas que claramente aporta NTFS, contra un único handicap: sólo puede ser accedido a través de Windows 2000, XP ó 2003 (hay maneras de hacer que un W9x acceda a particiones de este tipo mediante programas de terceros, pero no son mu seguros...).
Saludos