Hola:
Es importante la marca y modelo de la tarjeta de puertos USB 2.0 porque así podremos identificar el chipset que incorpora. Conocer el chipset es importante pues algunos presentan incompatibilidades bien conocidas. Una actualización de la BIOS no te servirá para que Windows XP reconozca dichos puertos puesto que son externos a la placa. En este caso, yo pienso que se trata de un problemas de los controladores, dado que nos afirmas que la tarjeta sí que es reconocida. Intenta instalar otra versión de los controladores sea más nueva o más antigua.
En cuanto al disco duro. Si lo has conectado mediante un adaptador conversor de SATA a IDE no deberías tener ningún inconveniente puesto que estos adaptadores son transparentes (es como que no existieran en el equipo). No necesitan controladores y la BIOS ignora su existencia, por lo que, en esta caso, una actualización de la BIOS tampoco va a resolver tu problema.
Si el disco duro SATA lo has conectado a una tarjeta PCI con controlador SATA, resulta que dichas tarjetas suelen traer su propia BIOS para cubrir las posibles carencias de la BIOS de la placa base. En Windows XP, necesitas controladores para dicha tarjeta. En definitiva, en este caso, una actualización de la BIOS de la placa base tampoco te sirve.
Resumiendo, una actualización de la BIOS no va a resolver tus problemas.
Saludos.