Pues la verdad, de memoria no lo sé, pero casi segur que se podría hacer.
Se me olvidó una opción extremadamente válida y que aplica para Google Drive! Puedes usar la combinación de rclone + rclonebrowser. Es totalmente gratuito, muy rápido y en este caso, te conserva por defecto la estructura de carpetas que tengas en Google Drive. Es un poco más "complicado" de instalar, pero nada que 10 minutos de videos de YouTube no arreglen.
Las limitaciones son que con Rclone, necesitas tener acceso a los archivos mediante tu cuenta, ya sea con un Teamdrive asociado a tu cuenta, o que estén en la misma. No te serviría para links públicos. Tampoco es posible pausar descargas, por lo que si se te interrumpe la conexión, deberías empezar de cero.
En resumen, si es para bajar links públicos y poder parar descargas, jDownloader es tu solución. Para algo más aplicado a Google Drive, pero con las limitaciones de arriba, rclone te sirve.
Antes de enviar el mensaje, me puse a hacer pruebas con jDownloader. Tienes una opción precisamente para que se respete la jerarquía de carpetas, por lo que por ejemplo, si meto en la cola de descargas una carpeta con múltiples archivos…me lo organiza tal que así:
Lo único que has de hacer es desmarcar la opción "Information overwrites packagizer rules", y ya queda organizado como aparece en GDrive.
En resumen, jDownloader sigue siendo tu mejor opción!