Yo recomiendo desde hace un tiempo el protocolo NX Nomachine
nomachine.com/es
tienes mayor acceso al hardware nativamente y te permite interacción nativamente para el mouse integrado y aceleración de la GPU nativamente .
Poder compartir dispositivos como si fueran dispositivos físicos .
Comparado con XDRP mucho más limitado y no tan óptimizado juega en otra liga
En cuánto a tu pregunta como te han dicho no se recomienda como root el modo gráfico porque la gran mayoría de aplicaciones te creará una configuración diferente para el usuario root y una vez guardada si la aplicación no lo tiene en cuenta puede fallar guardar los datos de configuración una vez que el usuario quiera seguir ejecutando la aplicación en usuario sin privilegios .