Mirad, yo con un problema similar, por no decir identico, lo solucione de la siguiente forma:
Descargar el programa "Partition Wizard Home Edition v5.0", tras instalarlo (o en portable)
al abrirlo, en la primera pantalla se muestra la estructura y perticiones que tienes realizado en el disco duro (y en los demas), pero centrandonos en el disco duro de arranque, existe un espacio "Reservado para el sistema" de unos 100 MB., cuyo Status debe ser "Active¬Boot",
Si no es así, -como era mi caso-, con solo marcar ese espacio del disco al picar sobre él, ir luego -en la barra superior- a "Partition\Modify\Set Active", aplicareseo combios picando en la parte inferior izquierada (Apply), se solucionó el problema.
Espero que les sirva para algo positivo. Saludos