Instalacion de Ubuntu con Wubi en una particion diferente a la que ocupa windows 7.

Resulta que no tengo claro si por el sistema que he elegido para instalar Ubuntu en mi portatil guarda todos los programas, aplicaciones y por ende cambios que haga a diario en el. La pregunta es facil, ¿Si instalo cualquier aplicacion o guardo archivos o hago cambios de cualquier clase en dicho S.O se quedaran ahi? osea que no tendria que volver a instalarlos cuando vuelva a arrancar con Ubuntu. Espero haberme explicado, saludos.